Lorsque l'on récupère des changements stashés, il est possible de même manière que lors d'un merge, que des conflits apparaissent. Ils se résolvent de la même manière.

(n étant un nombre)

git stash pop stash@{n} : l'opposé exact de git stash save : applique les changements et efface ceux-ci du stash

git stash apply stash@{n} : applique les changement mais les conserve dans le stash

Par défaut, si l'on ne spécifie aucun stash, est appliqué le premier.